休日に出勤した後に代わりの休みを取る。もしくは、事前に出勤日と休みの日を入れ替えて振り替え出勤する。このような形で休みを取るときがあります。
例えば、休みだった土曜日に出勤して、翌週の木曜日を代休にする。この場合、もし月曜日に有給休暇を取りたいと考えた場合、「先に代休を取ってからじゃないと有給休暇は使えないぞ」という対応ができるでしょうか。
木曜日の代休よりも先の月曜日に有給休暇を取ろうというわけですから、中にはワケの分からない理屈を展開してくる人がいないとも限りません。
代休も年休も、どちらも休みという点では同じですから、「まず代休、後から有給休暇」そういう順番を決めてくるような人もいるでしょう。
どういう理屈でそのような順番が決まるのかは不明ですが、このような優先順位はありません。
休みという点では共通していますけれども、代休を先に取らないと有給休暇は取れないというトレードオフの関係はありませんので、どちらも独立して取ることができます。代休があるからといって、有給休暇の取得を拒否することはできません。
そのため、月曜日に有給休暇、木曜日に代休というようなスケジュールでも問題ありません。
振替休日の場合でも同様です。まだ取っていない振替休日があるのだから、年休よりもそちらが先だ、という優先順位はありません。場合によっては、年休の次の日に振替休日が来て2連休になることもあります。